清光緒十二（1886）年，台灣巡撫劉銘傳氏，鑒於島內交通不便及鐵路對國防與經濟發展之重要，奏准清廷興建台北至新竹間鐵路，遂於光緒十三（1887）年開始動工，光緒十九年（1893年）完工通車，同年11月開始營業，當時每日行車次數僅有6次，旅客人數每日平均約400人。位於今憲兵隊附近（公園里東大路邊）的新竹火車站票房是最早的新竹站，日本據台之初曾因戰爭而暫停營業，到光緒卄二年（1896年）7月5日恢復通車，站址遷移至今東大路與鐵道交叉處北側，亦即今日的貨運站附近，日據時代稱之為『新竹驛』，站房面積僅44坪，十分簡陋，但卻仍是台灣鐵路的大站。
      現有站房完成於大正二年（1913年）3月31日，是台灣西部縱貫線上現存日治時代『長老級』的火車站，由日人松口崎萬長設計，和台灣總督府、台北新公園內博物館都屬於同期的巴洛克式風格的西式建築，外觀上最大的特色是有座兩段式傾斜度大的屋頂，搭配一座盔甲式有四個方向的鐘塔及比例修長的拱圈門廊，內部有文藝復興時代的

      浮雕裝飾，造型優美典雅兼具歷史與藝術價值，是新竹市的地標及特殊的都市景觀，也是台灣近代交通的重要見證；87年3月5日經「台灣省古蹟評鑑審議會議」決議列為二級古蹟，復於87年6月23日經省府公告指定為省定古蹟，範圍包含車站本體及與車站本體同寬之第一月台。

      昭和三年（1928年）增建右側辦公室，二次大戰期間曾遭盟軍轟炸部分毀損，民國38年初才整建完成。

昭和三年（1928年）增建右側辦公室，二次大戰期間曾遭盟軍轟炸部分毀損，民國38年初才整建完成。
      民國55年為因應本線、支線貨運量激增與調車業務日趨繁忙暨配合台灣肥料公司新竹場擴建後之運輸需要，擴建貨運站；民國58年6月完成起用，客貨運業務正式分開，以迄於今。
     本站於民國87年由內政部列為二級古蹟，於民國89年10月12日鑒於站房老舊，年久失修，由內政部編列預算，新竹市政府發包整修，於民國90年11月30日竣工。