明治四十三年二月一日(1910)台東線鐵道工程花蓮港至鯉魚尾(壽豐)間開工,十二月十五日通車,同年十一月十五日花蓮港火車站開工,隔年的二月十七日完工,本年度鐵道部花蓮港出張所廳舍落成
大正元年(1912)一月十四日位於南濱的花蓮港海岸驛開始營業,站名雖為花蓮港驛,但卻非真正的港口,靠港的船隻都要以駁船來卸貨也甚為不便
昭和元年(1926)三月二十五日台東線鐵道完成,全長一百七十三公里,三月二十七日舉行通車典禮,當時花蓮火車站外觀,現為公車總站,俗稱舊站
從探勘核准興建一直到完工,台東鐵道共耗時二十八年光陰,台東鐵道的完成,使得城鄉之間距離縮短,不只人與人之間往來頻繁,物資間也加快流動,身為東部鐵道的第一大站花蓮港火車站,更成為經商往來的必經之地,使附近的街道也繁華起來
昭和十四年(1939)位於北濱的東花蓮港(即今日之花蓮港)興建完成,同年九月二十日自花蓮
港至東花蓮港驛間鐵路完成,同日起新設立的東花蓮驛也開始營業,由於舊南濱港口功能逐漸萎縮,自昭和十六年(1941)四月十九日起裁撤花蓮港海岸驛,這段長1.1公里的路線一直保留至民國七十一年東拓完工時才拆除
光復後,原先建於日治時期之站房已不敷使用,故於民國三十八年四月四日動工擴建,同年六月二十四日完工啟用,擴建後站房一樓部分維持原狀,二樓部分予以加高,使內部空間更為寬闊,並於民國四十年一月十五日將花蓮港站改稱為花蓮站,同日起也將東花蓮港站改稱花蓮港站
花蓮火車站附近社區因日治時代所遺留下來的車站帶動了商機,社區附近自然集結了花蓮市大部分的人口,也帶動了當地的經濟發展,舊站附近地區曾經是一個膠結花蓮人許多記憶的地方,白天車水馬龍,入夜熙來攘去,但是隨著民國六十八年北迴鐵路通車,交通重心轉移,原來花蓮舊火車站交通的重要性被抽離,商業重心也因此轉移到現今的花蓮新站,民國六十九年二月花蓮舊火車站遷移到新站,民國八十一年九月花蓮舊火車站拆除,田浦站也於民國七十一年拆除,民國七十八年全面拆除花蓮市舊鐵道,並鋪設柏油路面,民國七十一年六月二十七日東線全線拓寬完成,同年七月一日花蓮新站改名為花蓮站至今