明治40年9月1日 (西元1907年) 設鐵道部花蓮港出張所，亦即花蓮管理處的前身，負責興建台東線鐵路相關事宜，及主管通車後的營運業務。明治43年2月1日(1910年)台東線鐵道工程花蓮港至鯉魚尾(壽豐)間開工，12月15日通車，同年11月15日花蓮港火車站(即花蓮站)開工，隔年的2月17日完工，本年度鐵道部花蓮港出張所廳舍落成。大正元年1月14日(1912年)位於南濱的花蓮港海岸驛開始營業，站名雖為花蓮港驛，但卻不是真正的港口。

昭和元年3月25日 (1926年) 台東線鐵道完成，全長一百七十三公里， 3月27日舉行通車典禮。從探勘核准興建一直到完工，台東鐵道共耗時二十八年光陰，台東鐵道的完成，使得城鄉之間距離縮短，不只人與人之間往來頻繁，物資間也加快流動，身為東部鐵道的第一大站花蓮港火車站，更成為經商往來的必經之地，使附近的街道也繁華起來。

昭和14年 (1939年) 位於北濱的東花蓮港(即今日之花蓮港)興建完成，同年9月20日自花蓮港至東花蓮港驛間鐵路完成，同日起新設立的東花蓮驛也開始營業，由於舊南濱港口功能逐漸萎縮，自昭和16年(1941年)4月19日起裁撤花蓮港海岸驛，這段長1.1公里的路線一直保留至民國71年東拓完工時才拆除。

昭和19年(1944年)10月12日(二次大戰)，花蓮港車站遭受美軍空襲炸損。隔日，一列由花蓮港站開出的列車同樣遭受美軍空襲，雖事先停車疏散乘客，但仍造成死傷。

光復後，原先建於日治時期之站房已不敷使用，故於民國38年4月4日動工擴建，同年6月24日完工啟用，擴建後站房一樓部分維持原狀，二樓部分予以加高使內部空間更為寬闊，民國 40年1月15日將花蓮港站改稱為花蓮站，同日起 也將東花蓮港站改稱 花蓮港站。