台灣光復後，政府鑑於竹東腹地一帶之農林礦產資源豐富，陸續有大規模工廠(水泥、玻璃等)先後設立，且附近山區農林礦產品以本地區為集散地，為配合開發資源，發展工業，必須改善交通，即因應興建內灣支線鐵路，竹東站於民國36年1月15日建立完成，待新竹═竹東段於民國36年11月15日建竣通車時開始營運，民國39年12月延伸至合興站，民國40年9月間再延伸續建至內灣站而全線通車。自營業後再興建第一、二月台人行天橋，方便旅客通行，民國76年並增舖安全側線，以防車輛溜逸，維護行車安全，民國85年2月改建車站站房屋頂為紅琉璃瓦，並延長第一月台候車雨棚，候車室及辦公室舖地磚，全站煥然新氣象，為『竹東鎮地標』票選第一名。
        自民國96年3月1日起，因應六家高鐵聯外道路施工， 新竹站至竹東站間停駛，僅行駛竹東站至內灣站，工期預計44個月。以柴油自強號行駛此路段，並於竹東站設立簡易維修基地。目前自早上六點至晚上11點有16班列車往返。除通勤、通學及本地民眾搭乘外，假日團體旅客及外地遊客眾多。新竹=竹東間由新竹客運開行交通維持專車，行駛68號東西向快速道路並配合鐵路開車時刻，尚稱便利。
         目前僅剩3輛柴油自強號行駛此路段，週一至週五行駛一輛遇團體旅客再加掛車廂，週六日則行駛二輛。
週休二日政策的推動，使竹東火車站成為假日內灣人潮的主要交通轉乘站，竹東親水河濱公園、傳統市場、林業展示館、樹杞林文化館、蕭如松藝術園區等人文景點，緊密結合成一個人文網絡為了整合觀光資源並帶動觀光人潮，新竹縣政府將竹東火車站旁廣場進行整體規劃及應用，成立新竹縣旅遊中心提供服務，觀光旅遊處的志工開始進駐，為新竹縣的旅遊資訊成立一個新的據點，旅客至竹東站時可先至旅遊中心參訪。
將來如何讓前往清泉、觀霧、內灣、尖石、寶山、芎林、北埔的人潮能在竹東停留，帶動商圈發展成為觀光休閒重點，這也是竹東站同仁努力的目標。