縱貫鐵路打狗火車站，原稱「打狗驛」，位於新濱町一丁目，也就是現在的高雄港站現址，一九ΟΟ年創始時附設車掌區及機關庫。1920年（民國九年）隨著第八任台灣總督田健治郎更改地名，將打狗驛更名為「高雄驛」，辦理客貨運業務，是台灣鐵路縱貫線的終站，後又與屏東線連結，亦是屏東線始發站。
      爾後高雄市日漸繁榮，進出口的貨物激增，原有的站址與設備，不敷使用，乃於一九四一年（民國30年）配合以三十萬人口的高雄都市計劃，將客運業務遷到三民區建國二路高雄站現址，從此「高雄驛」改為高雄港站專辦貨運業務。

      二次大戰期間，本站因為位居要衝，站房及主要站場，設備全部遭受盟軍戰機炸燬。直到台灣光復之後，全力搶修，不但恢復舊觀，且配合港區碼頭的擴建及高雄市重工業之發展，路線延伸各碼頭及建立環繞高雄市區第一臨港線及第二臨港線並延伸各個主要工廠。本站因第二次世界大戰站房被炸燒毀，原始資料全部無存。站房被燒毀後於36年4月重建現有辦公室；汽車月台原有五座，貨物線、預備線、外中線各乙座，於民國三十八年苓雅寮為軍品運送擴建二座。

      本站於民國68年11月1日為起，提高服務品質，便利旅客就近購票，分別在站內區及前鎮車場實施分散售票，代替高雄站預售對號以上車票，民國85年5月配合台鐵電話語音訂票系統啟用，相關座位統一收回，提供旅客訂票，車站相關代售業務一並取消。(內行人才知道的訊息)
     ◆ 本站前鎮車場為配合高雄市政府瑞隆路拉直工程，改建為第一種繼電聯動裝置於78.3.28.啟用。

       本站原為台鐵最大的貨運編組站，但因港區雜糧僅口貿易自由化，又因公路交通便利，相關貨運業務已多數改由公路運輸，自94年10月31日軍方移出13號碼頭後，目前業務僅剩下港區進口雜糧及相關路料運送，貨運業務已大不如前。 

      民國88年元宵燈會起，臨港線配合高雄市政府燈會活動，開行元宵燈會列車，民國92年3月2日起臨港線試辦行駛嘟嘟火車，8月2日起嘟嘟火車正式行駛，為配合高雄市政府港區親水公園新建，嘟嘟火車自95年3月3日起暫時停駛，95年5月8日起正式停駛。

      為配合本局臨港線土地開發利用，民國94年10月20日起，原高雄港站到開貨物列車，已全部改由前鎮車場到開，高雄港站內區只剩車廂維修及輸送用具相關調車作業。