◆創建於民國前13年（西元1899年）為一「簡易站」，日治時代稱為「南港乘降場」，指定由松山站管理。
◆民國前7年（西元1905年）因煤礦業興盛，促進地方繁榮，人口增加，客、貨運發展，因站房設施不敷使用，遂逐漸擴大改建為日式木造房。
◆民國55年1月1日因客、貨運業務持續增長，升格為二等站。
◆民國75年7月21日為配合臺北市區鐵路地下化，華山站撤銷後，貨運業務及貨車編組作業遷移至南港站，使南港站成為大臺北地區唯一辦理貨物轉運中心及客運業務之客、貨運重站。
◆民國76年7月15日因業務量持續成長，升格為一等站。
◆民國90年6月1日為配合交通部推動「南港專案」地下化工程，停辦貨運，南港站因此降為二等站。
◆民國91年12月15日為配合站場施工，車站遷移至臨時站。
◆97年9月21日臺鐵新南港車站第一期工程啓用(二期工程接續施工)
車站啓用說明
●南港車站地下化將於97年9月20日晚間11時15分進行軌道切換作業，9月21日上午6時30分起列車地下行駛營運。
●南港車站地下化後，將貫通南港路及忠孝東路，未來並增設一條東西向20m寬道路疏解交通擁塞，並帶動鐵路沿線土地更新，促進都市發展，建構臺鐵、高鐵、捷運、短中長程客運之轉運中心，成為臺北市東區交通新樞紐。
車站進出動線
●南港路側旅客：可由興中路或興華路至車站北側入口至地下二樓售票大廳，通過剪票口至地下三樓月台層搭車。
●忠孝東路側旅客：由工區西側Ｅ替代道路經味全倉庫左轉，即可達車站北側入口，至地下二樓售票大廳，通過剪票口至地下三樓月台層搭車。

◆原有南港車站地理位置處於南港區行政中心及商業區所在，建於民國七十五年，站房為一層RC結構，車站南側緊鄰鐵路廊帶至忠孝東路間為台鐵南港貨場，佔地一二‧八二公頃，貨場內設置有綜合糧倉、貨物倉庫、水泥散裝立庫及台北材料場等鐵路設施，阻隔地區都市發展。「南港專案」將貨場遷移，新建南港車站及高鐵南港整備站兼作營運輔助站，創立新地標，完成後兼具台鐵、高鐵、公車、中長程客運、計程車、捷運轉乘及百貨商場等多目標使用設施。
◆鐵路廊帶範圍，北鄰南港路一段，南接忠孝東路七段，長約五九二公尺，最大寬度為一一三公尺。
◆南港車站為一大街廓綜合性交通運輸系統及商業開發之複合式建設案，基地面積六‧七四公頃，站區建築配置有旅館大樓（二十六層）、車站大樓（二十五層）、商場暨中長程大樓（二十五層）及糧倉商場大樓（十四層），總樓地板面積約二十五萬平方公尺，停車數量：機車停車位一一八○輛、汽車停車位一一八九輛，地面一層為車站出入口、旅運郵電金融等商場，地上二~三層為商場，地上四~二十六層為未來開發之多目標大樓，本專案建築高度六十七公尺，未來開發後高度一二五公尺。全區地下層整體開挖作為台、高鐵車站使用，開挖深度約二十六公尺，地下第三層為台鐵月台層，地下第二層為旅客穿堂層，地下一層為高鐵月台層，並可由南側廣場與捷運南港站連通轉乘，往北宜方向則可利用車站附設中長程客運站轉乘。
◆現況：因維持台鐵車站營運之故而工程區分為二期工程，第一期工程為車站主體結構，俟建設完成將臨時軌及臨時車站轉移入地下車站營運後，進行第二期工程南側停車場及車站周邊工程等。
◆結合捷運、高鐵、台鐵的「三鐵共構」車站商圈，由於交通條件與生活機能皆優，加上附近開發案持續進行，南港軟體園區就是讓南港脫胎換骨的首要關鍵。板南捷運線（至昆陽站）及環東大道（聯絡北二高、市民大道與內科園區）的完工啟用為南港帶來相當大的便利與正向影響。