◆創建於民國前13年（西元1899年）為一「簡易站」，日治時代稱為「南港乘降場」，指定由松山站管理。
◆民國前7年（西元1905年）因煤礦業興盛，促進地方繁榮，人口增加，客、貨運發展，因站房設施不敷使用，遂逐漸擴大改建為日式木造房。
◆民國55年1月1日因客、貨運業務持續增長，升格為二等站。
◆民國75年7月21日為配合臺北市區鐵路地下化，華山站撤銷後，貨運業務及貨車編組作業遷移至南港站，使南港站成為大臺北地區唯一辦理貨物轉運中心及客運業務之客、貨運重站。
◆民國76年7月15日因業務量持續成長，升格為一等站。
◆民國90年6月1日為配合交通部推動「南港專案」地下化工程，停辦貨運，南港站因此降為二等站。
◆民國91年12月15日為配合站場施工，車站遷移至臨時站。
◆97年9月21日臺鐵新南港車站第一期工程啓用(二期工程接績施工)
車站啓用說明
●南港車站地下化將於97年9月20日晚間11時15分進行軌道切換作業，9月21日上午6時30分起列車地下行駛營運。
●南港車站地下化後，將貫通南港路及忠孝東路，未來並增設一條東西向20m寬道路疏解交通擁塞，並帶動鐵路沿線土地更新，促進都市發展，建構臺鐵、高鐵、捷運、短中長程客運之轉運中心，成為臺北市東區交通新樞紐。
車站進出動線
●南港路側旅客：可由興中路或興華路至車站北側入口至地下二樓售票大廳，通過剪票口至地下三樓月台層搭車。
●忠孝東路側旅客：由現有跨站天橋往興華路方向前行，下天橋約20公尺後右轉，即可達車站北側入口，至地下二樓售票大廳，通過剪票口至地下三樓月台層搭車。