臺鐵新左營站與捷運R16左營站轉乘動線有2處：
1、月台與捷運穿堂層連通處設有剪票口、自動售票機及自動驗票閘門，旅客可由此動線快速轉乘。本區開放時間：每日6：30～23：30，其餘時間請改由捷運2號出口及新左營站正門進出，不便之處敬請見諒。
2、由捷運2號出口到達站前廣場，搭乘電扶梯上臺鐵新左營站2F旅運大廳，購票後再由大廳之剪票口進站乘車。
附註：本站月台轉乘區僅設有電扶梯，如旅客需搭乘升降電梯請由捷運2號出口處轉乘。