◆ 90年因受桃芝、納莉、利奇馬等颱風侵襲及後續影響，全線路段嚴重損毀，松山＝萬華站間地下隧道及台北站月台淹水，車站軟硬體設施嚴重受損，影響列車正常運行（長途列車全面停駛）營運量鉅幅下滑。

◆ 配合高鐵施工，90年9月12日起停用台北＝松山間北隧道，停駛基隆＝新竹間區間車17列次及截短行駛7列次共24列次。

◆ 91年北部短程旅客受捷運『板南線』通車影響，板橋、萬華、松山、南港等站旅客量持續流失。

◆ 92年因受SARS疫情影響，4~6月份之營運量呈現巨幅衰退。

◆ 93年二高全線通車後，高速公路壅塞情形大幅改善，民營客運業者低價競爭，致臺鐵中長途旅客有逐漸流失現象，惟本局為開創國人國內旅遊新模式，推出有「寶島之星」、「溫泉公主號」、「墾丁之星」等觀光列車引領鐵路旅遊熱潮，及「北迴線電氣化」通車至花蓮站亦為本段營收略顯成長之要因。

◆ 93年配合高鐵『南港專案』施工，臺北站移撥2個月台4個股道，停駛及截短列車共75列次，致運能下滑，嚴重影響本局營收。

◆ 94年因受公路競運、配合高鐵施工臺北站移撥軌道後續影響及於7至10月間共有4個颱風侵襲等因素影響，致實績較去年略為下滑。

◆95年捷運土城線於95年5月31日完工通車，影響松山-樹林間通勤、通學旅客，北宜高速公路雪山隧道於95年6月16日通車後，北迴線旅客亦呈現衰退減少。

◆臺灣高鐵公司於96年年初通車營運，本段上車人數增加，延人公里減少，顯示中、長途旅客逐漸流失，客運進款減幅略小於延人公里減幅，顯示仍有部分短程旅客量成長。使得本段短程旅客增加（本段每日約增加1,876人）。

◆ 90年因建築業不景氣及配合政府「南港專案」鐵路地下化工程施工，幸福水泥、台泥於南港站之立庫拆除；本段轄屬各站因無貨場而停辦貨運業務，「東砂西運」之砂石貨源全數流失，致大幅減運。

◆ 91年國內景氣不佳，經濟衰退，原、物料需求降低，為配合『南港專案』施工，大量停駛貨物列車，及停辦貨運業務。

◆ 92年二高通車公路網綿密，提供貨主及門運輸之便，加上卡車削價競運，致貨源流失。

◆ 五堵貨場93年8月20日啟用後，散裝水泥運輸營運正常，且因『東砂西運』業務量持續增加，本年砂石營運較去年成長。

◆ 94年度貨運量因本局「五堵貨場」各項設施陸續完工，使東砂西運到達量持續增加。

◆ 95年基隆站港區鐵路配合地方政府都市更新開發計畫，貨運業務逐漸停辦，致貨源減少。

◆ 96年七堵站貨運減少因五堵貨場第一區禾新建材公司於96年1月惡性倒閉，改由台灣聯合運通公司辦理承租。且受經濟不景氣出口貨櫃減少。
另因國防部95年度彈藥儲存政策變更，中北部彈藥儲存大幅調整，且大部分由鶯歌站轉運，造成95年度鶯歌站起運頓數驟增。96年度國防部各地區彈藥存量已調整完畢，因此託運量已趨於正常(此為本該託運)。
樹林站增加原因：96年9月1日試辦「人車同行」小客車託運至花蓮業務（共計託運42輛）。
桃園、中壢、新竹站增加原因：增加軍方一级品貨物運送。
竹東站增加原因：96年1月至5月因道班施工增加石碴承運。

本局旅客列車附掛運送小汽車「人車同行」業務，96年9月1日起試辦6個月

本段樹林站開辦小汽車人車同行之績效:

96年9月托運輛數:去程--23輛;回程--6輛

     10月托運輛數:去程--6輛;回程--2輛

     11月托運輛數:去程--3輛;回程--4輛

     12月托運輛數:去程--8輛;回程--8輛

97年1月托運輛數:去程--3輛;回程--3輛

      2月托運輛數:去程--2輛;回程--1輛

本局有鑒於近年來環保意識抬頭，為推動零污染之自行車騎乘活動，結合台鐵、鐵馬(自行車)雙運具，試辦「兩鐵環保專車」業務，俾擴大服務層面。

試辦期間:自97年3月起試辦3個月，於3月8日、4月19日及5月17日各開行汐止至苗栗「兩鐵環保專車」2181次及2180次往返各1列次，沿途停靠汐止、松山、萬華、樹林、桃園、中壢、新竹及苗栗等8站。

「兩鐵環保專車」於3月8日舉辦首航典禮，共計272人次申請搭乘。

	起站	迄站	人數
1	汐止	新竹	64
2	萬華	新竹	145
3	桃園	新竹	51
4	桃園	新竹	12
總計			272

◆ 本段各線、站間所使用正常閉塞方式如下：

● 縱貫線(基隆至香山)為中央控制式。
● 內灣支線：新竹站至竹東站間使用單線簡易聯動式，竹東站至九讚頭站間使用電氣路牌式，九讚頭站至內灣站間使用電氣路牌折返式。