清光緒二十年(1894),清日甲午戰爭,次年,清國戰敗,雙方簽訂馬關條約,清國將臺灣割讓予日本,從此日人領台,展建南北鐵路,於光緒21年(1895、明治28年)10月9日,自新竹以南進行路線測勘。
光緒25年(1899,明治32年)5月原經大稻程河溝頭、海山口鐵路,改經艋舺(萬華)、枋橋(板橋)、樹林、山仔橋(山佳)鶯歌石(鶯歌),接桃仔園(桃園)南下。
光緒26年(1900,明治33年)9月15日興建台北淡水間21.2公里鐵路,均於光緒27年(1901,明治34年)10月25日竣工通車。同日起臺北站及淡水河岸線辦理整車貨運。
民國7年(1918,大正7年),日人遷建臺北站站場於今北平西路現址。俟至民國29年(1940、昭和15年)6月,站房再予重建。