》總務股
辦理公文收文、文書處理、檔案管理。
辦理會計、統計等各項業務。
庶務管理、財產管理事項等業務。
辦理各項採購之業務。
地區聯合辦事處暨全民防衛動員業務推行、訓練等事項。
其他交辦事項。  

》業務股
辦理客、貨運業務督導考核事項。
辦理客、貨運營業資料統計。
辦理客運從業人員在職訓練教育。
站車秩序、員工服務態度及環境清潔與綠美化督導。
督導各項為民服務工作辦理情形。
電話禮貌測試及旅客意見及電子郵件處理。
旅客非行車傷亡事故案件之處理。
鐵路旅遊業務之推展。
其他交辦事項。

》運務股
辦理行車員工在職教育、訓練督導考核。
行車保安設備之保養、測試、會勘等事項。
辦理各項行調車安全、行車員工規章測驗及行車、調車看柵人員訓練等事項。
處理行車事故等各項業務。
行車無責任事故獎勵事項之審核。
其他交辦事項。

》人事室
人事資料之建立登錄列管。
任免遷調、組織編制等各項業務。
差假勤惰管理等業務。
辦理獎懲及考成（績）。
訓練進修及勞資關係等業務。
待遇、福利、保險及退休撫卹等業務。
其他交辦事項。

》勞安室
 辦理有關勞工安全教育訓練各項業務。
 自動檢查、危害控制等各項業務。
 職業災害調查及健康檢查等業務。
 其他交辦事項。

》政風室
 辦理政風綜合業務及防弊督導等事項。
 政風案件資料蒐集及檢舉案件查處。
 辦理政風優良人員表揚及貪瀆案件。